臺灣現存最早、也是最重要的文化地景，歷代往來居住於這片土地的人們皆安葬於斯。南區的墓葬群，文化層疊積豐富，面積達一百公頃，位於中華南路一段至國民路、西門路一段一帶，附近設有臺南市立殯儀館，墓區內有竹溪和多條支流盤繞，山水交織環抱，建構出許多一重山稜一彎曲流的地形，風水絕佳，是臺南臺地僅存的原始地貌。南山公墓有明代墳墓數十門，四座明清古墓為市定古蹟，還有清領時期「府城三吳」、固園黃家、一峰亭林朝英、帽街潘氏家族......等許多府城名人家族墓園，見證了晚明以降，漢人來臺落地生根的開拓史。
市定古蹟：
曾振暘墓，民國41年底(西元1952年)，臺南市文獻委員曾在大南門外管事園發現了一座坐北朝南的陵墓，由於墓碑上落款的年代早於鄭成功來臺驅荷的時間，因而被認為是荷蘭時期，流寓的漢人留葬在臺灣的最早一座墳墓。曾振暘的墓碑，保用花崗石打造，尺寸較藩府曾蔡二姬墓及藩府二鄭公子墓小，高度僅有七十六公分，寬度為五十三點十五公分，雖然風化嚴重，但鑄刻深凹的字跡，仍然清晰可辨。中央銘刻：「皇明澄邑振暘曾公摹」，上款題為：「崇禎十五年」，下款刻有：「孝子若龍若鳳同泣立」。澄邑，是福建漳州府海澄縣的簡稱；明崇禎15年，相當於西元1642年，比起鄭成功驅逐荷蘭人的明永曆15年(西元1661年)早了19年，說明早在荷蘭時期，漢人已在臺灣的史實。
藩府曾蔡二姬墓，大南門外師爺塚前的土丘上，眾坟穩林立的墓塋中，有一處造型簡潔，樸實無華，屬蛇子穴的鄭氏時期墳墓，坐東朝西，墓碑是用麻點般的花崗石打造，碑體四週有微凸的「芝草紋」邊框，框內上乃雕刻著橫寫的篆體「皇明」二字，中央是直書的楷字「藩府曾蔡二姬墓」。雖然左右沒有落款的年代，也沒有立碑後裔的名字，但經考證，被認為是鄭成功兩位姬嬪的墳墓。碑銘中的「藩府」原是屯駐異地，屏藩鎮守的諸侯府第，在這裡則是指反清復明的延平郡王鄭成功的府邸。根據《石井本宗族譜》的記載，鄭成功有嬪妃六人，分別為莊氏、林氏、史氏、蔡氏、曾氏、蔡氏，曾蔡二姬墓便是後二位的墓堂。自清國領臺以後，與鄭氏有關的墳塋，大多遷葬中國故里，唯獨曾蔡二姬墓和二鄭公子墓幸存臺南，實在是相當難能可貴的。儘管墓塋已經過多次整修，但明制古樸的風貌，猶依稀可見。
藩府二鄭公子墓，「藩府」二字，是明代屯駐異地，屏藩鎮守的諸侯府第的簡稱，在這裡指的是延平郡王鄭成功的府邸。二鄭公子，便是鄭成功的兩個兒子。按《石井鄭氏族譜》記載，鄭成功只有十個兒子，大多溺斃水中，埋葬於中國。惟獨四子名睿，號聖之，十子名發，號省之，由於早逝，又無子嗣，所以留葬於臺南，當時稱為仁和里鞍仔莊的地方。根據連雅堂的記載，當時離該墓不遠處還建有庵和塔，由於地處林莽叢中，乏人照料，都已荒廢。如今這座墳墓仍然孤伶伶地座落在遠離塵囂的荒郊野地上，若不是經人引領，還很難得造訪古蹟呢！
清康熙22年（西元1683年）鄭克塽降清，翌年臺灣併入清帝國版圖，清政府為讓士民淡忘思明之心，於是下令凡與鄭氏相關之仕宦墓塋多遷葬中國故里，然清康熙38年（西元1699年）御令鄭氏家族遷塋中國，此二墓因故留葬未遷。該墓墓基全以石灰岩、牡蠣殼混凝築肇，堅固異常。墓碑石高達1.1m、寬80cm、厚幾20cm，表銘刻「皇明 聖之、省之二鄭公子墓」。墓牆圈繞成拱形，厚25cm；墓長8m、闊3.4m，該墓於1930年(昭和5年)春嘗重修。墓前方的綠榕是重修時栽植的，原墓塋應僅有一花崗石碑與磚面地坪，於民國64年(西元1975年)重修時加建現有全部水泥部分，左右護欄及石獅等，並同時修建「曾蔡二姬墓」及「曾掁暘墓」，故此三墓之形態均屬一致。現由鄭氏後人清掃、清明時節由文化局會同祭拜。
施瓊芳墓，施瓊芳於清嘉慶20年（西元1815年）出生於臺南，卒於清光緒3年（西元1877年）。清英鴉片戰爭前夕，施瓊芳前往北京，由於他精通經史百家，博學鴻辭，文藻斐然，一時京中鉅公名流，雅慕其人，並推為海東的才子；施瓊芳次子施士浩，詩文俱佳，與父親連為進士。因施瓊芳性情放淡，不喜作官，回臺之後，於臺南的崇學文書院及海東書院主講，擔任山長。施瓊芳墓園位於南山公墓內，建於清光緒3年（西元1877年），為一清制墓室，維護完整，墓碑型制特殊（墓碑與兩側墓肩合一），花崗顏色澤黃澄，雖於二戰後經過整修，但鋪地紅磚等仍不失樸拙。